“感染”这个词在年变得更加令人惊心动魄。
但是，我们今天关于感染的的话题不是新冠肺炎，而是肝脓肿。
肝脓肿是临床上常见的一种感染性疾病，主要分为细菌性肝脓肿和阿米巴性肝脓肿，我国常见的肝脓肿多为细菌性肝脓肿。严格意义上肝脓肿是不传染的，细菌性肝脓肿发病率随地域而异，亚洲地区发病率明显高于欧美地区，高达每10万人中17.6例，欧美地区发病率为每10万人中1.1-1.3例。近十年来，细菌性肝脓肿的年发病率呈上升趋势。
杨启文博士和团队近日在TaylorFrancisGroup旗下期刊EmergingMicrobesInfections发表了题为EmergenceofST11-K47andST11-K64hypervirulentcarbapenem-resistantKlebsiellapneumoniaeinbacterialliverabscessesfromChina:amolecular,biological,andepidemiologicalstudy的文章（可点击阅读原文查看全文），全面阐述了最新的研究发现。我们也很荣幸地邀请到杨博士，为大家分享他的研究、经验和心得。
本期嘉宾
杨启文
杨启文，男，副研究员，医学博士。医院检验科副主任，中国医师协会检验医师分会第四届委员会青年委员会副主任委员，欧洲临床微生物和感染病学会药敏委员会华人抗菌药物敏感性试验委员会（ChiCAST）秘书长及常务委员。
发现罕见菌株
为后续深入研究奠定坚实基础
医院检验科副主任，他的工作就是和细菌、病毒打交道的。杨教授喜欢称自己是一名“临床微生物学工作者”。到年期间，杨启文通过病例研究发现一种高毒力且高耐药性的肺炎克雷伯菌。肺炎克雷伯菌在肝脓肿里面并不是一个特别罕见的菌株，它是肝脓肿非常重要的一种菌，但是高毒力、高耐药性同时在同一个菌里体现是比较少见的。通过对个肝脓肿的病例的研究，杨启文和他的团队发现了8例对碳青霉烯耐药，同时对多种抗菌药物均耐药，且大部分都是高毒力的一种菌株。
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从临床的角度来说，这就意味着两点：一是临床治愈后会比较差；第二，临床抗菌药物治疗会非常棘手，因为很难选择合适的抗生素来治疗这样的感染。在临床上出现这样的现象，也给医生敲响了警钟：这种高毒高耐的菌株已经出现，如果没有得到充分认识，不及时加以控制，医院系统里面，对这类肝脓肿的病人严重的后果。因此从流行病学方面来看，杨启文和他的团队的这个发现是一个重大的贡献。
对这种特殊表型的高毒高耐的肝脓肿致病菌，杨教授也发现了它的特定耐药基因，大部分是KPC-2型碳青霉烯酶基因，另外，也发现在这种耐药菌上同时存在一些少见的毒力基因，该研究中发现的毒力基因目前在国际上的文献上还没有看到相关报道，可能是ST11K47/K64型肺炎克雷伯菌特有的毒力因子，这个发现对于后续的抗体药物以及疫苗的研制有一定的意义。
临床医学和基础医学相辅相成，
相互促进
这个研究是临床基础研究，既有临床研究的部分，也有基础研究的部分。在临床研究的部分，比较难的地方是临床病例信息的完整性的把控和有效数据的分析，是研究中面临的一个比较大的挑战。
基础研究领域，遇到的问题就是怎么样用多种生物学和流行病学的方法来证明该研究的假设，也就是SK11-K47/K64型的这样一种菌株，确实是一个高毒高耐的能引起人类肝脓肿的菌株。但是，这个假设需要不同的方法来证明。耐药性的证明比较简单，可以用耐药表型和耐药基因来证明。在致病性性的方面，杨教授和他的团队也遇到了难题。对于肺炎克雷伯菌来说，国际报道中大部分高毒力的肺炎克雷伯菌，他们的ST型别是ST23型，不是这个研究里面的ST11型。另外，传统报道的血清型多为K1和K2这两个型别。但是杨教授的研究发现的是K47和K64这两个型。所以我们国内的发现和国外的一些报道并不是特别吻合。在研究中发现，可能有一些细菌的基因学遗传进化起了作用，但这需要用实验的方法来证明。
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杨教授和他的团队的研究是用基础研究的实验来证明临床假设。在基础研究的实验上，要参考很多的方法，包括在毒力表型确认上研究团队就用了菌株表型，细胞表型，动物模型等。用多种方法证实了ST11-K47或者SK11-K64这样类型的菌株确实符合高耐药、高毒力的特征。
在研究过程中，为了证明假设是对的，就需要用一些科学的数据来跟踪它，用多种的方法去佐证。在这个研究里面用了多种方法，另外，在基因组层面综合地使用了二代测序和三代测序的方法来证明基因学层面上的可靠性，从基因到蛋白到细胞到动物实验，整条路径都走完以后，才能界定它确实是一个高毒高耐的一个菌株。
杨启文教授可以说是一位一直在临床一线坚持临床和基础研究结合的医学工作者。他认为基础和临床是相辅相成的一对“好兄弟”，基础研究是解决临床问题的必要工具和手段，而基础研究的科研工作者也不能空谈技术，要做切实解决临床问题，这样我们的研究才有意义。
OA初体验
“这是我第一次发表开放获取文章。我发现我们这个领域有很多好文章都发表在EmergingMicrobesInfections期刊上，平时我自己也经常从这本期刊获取最新科研进展。开放获取是一个非常有利于学术传播的模式，学术研究不能闭门造车，这对同行交流和互动很有益。投稿的过程经历了两轮修改，让我感受到编辑团队的严谨性，同时，审稿人也给了非常实用和中肯的意见，尤其是在方法学上，他们的明确指导使我的论文最终顺利发表。”
——杨启文
杨教授的专业是微生物学和免疫学，这是跟人类的健康以及生物领域比较相关的。谈到发表论文，杨教授说：“如何去做研究？我觉得也不一定要以发表文章为目的，但是，发表文章一定是你研究的阶段性成果的体现。所以我鼓励科研工作者，包括临床工作者积极去发表文章，不是灌水似的去发表，一定是你有一定的科研成果以后再去发表。要善于总结，善于从你的工作中发现一些科学规律。定期的总结和思考，定期的推出自己的研究成果，这是研究人员必要的一个过程。”
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