营养治疗可以补充炎症性肠病患者因长期胃肠道疾患导致吸收消化功能减退所缺乏的营养成分，但也有一定的副作用。
肠外营养的副作用主要在四个方面：（1）中心静脉置管（CVC）感染，约有5-15%的发生率，可能导致败血症；（2）肝衰竭为其最重要的并发症，急性期主要表现为肝功能不全、胆汁淤积、肝肿大、高血氨，可发生在任何年龄阶段，尤以小儿为甚。部分肝功能不全可能是暂时性的，常体现在转氨酶、胆红素及碱性磷酸酶的升高；（3）代谢紊乱，主要表现为水电解质紊乱，长期的肠外营养甚至可能增加代谢性骨病的风险；（4）静脉血栓。目前普遍认为，肠外营养只作为肠内营养无法耐受时的替代方案，或者围手术期的过渡营养方案。
相对于肠外营养而言，肠内营养副作用较小、更安全、更便宜，比较常见的是由于鼻胃管所致的恶心呕吐，另一个主要的副作用是对额外饮食的限制，而这一限制将影响患者对于额外食物摄入量的依从性。
